mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGACATTGTAAGAACGGCC CCGTTTTTATAATGTCCAGTT ATTATAATGATCTTATTATATACAATTAAGGGCCGTTTTTATAATGTCCAGTTAAGTTACAGTTAGGACTAACCAGTAGAATTCTATCAGTTAACAAATAAAAAATTCTGCTGGTTAGCGTAATCAGACACTAACCAGACATTGTAAGAACGGCCCTAAGTAGATAATTGTTATTGGTTATGGG AATGTACTTCTAAATTATTCACAAAAATATTATCATATGACAAGTTGACATTCAATGTTTATGTTCGTATCAAATAATACTATAATTGTAAGAAATGTTACAAAATATTATATAAATAAATTACAGTTGTTTTAAATATTAGGTACATTATAATGATCTTATTATATACAATTAAGGGCCGTTTTTATAATGTCCAGTTAAGTTACAGTTAGGACTAACCAGTAGAATTCTATCAGTTAACAAATAAAAAATTCTGCTGGTTAGCGTAATCAGACACTAACCAGACATTGTAAGAACGGCCCTAAGTAGATAATTGTTATTGGTTATGGGGTTTCTGCAGTAATTTAAAAAAATGTAGTAAGTCAATTTGAATTATTTTGTAATTTAAAAATGTCAAAGATATTTTCGGCATTATATAGCATGTTTTTGTCTGAAAATAATGTTGGGTCTTGCTTGGATGATCAACAAACTTCTTGAGCGTCTTCTTTATTGCAAGACTCAGGTATTGGGTCAAGAAGTTTTGGTTCATTTGGATCTTTATCATCTATATCAATATCCATAGTTCTTTTCCTTACACAGCGTGTAGTAGTTAATAGTATTCCAAAAATCATGGGTGGAAGTCCAGCAATTAAAAATGCGCCAGTATAAGATTTGTACATATCATACA 2 0 3' arm Aphis_gossypii mirnest 100 100 -53.8 ..(((((((....)))))))....(((.((((((((((((((((((((..((((.(((...((((...(((((((((((((((....................)))))))))))))))..))))..)))..))))..)))))))))))))))))))).)))..((((((......))))))... (-53.8)