mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTGGTTTCAAATGGTGCTAG ATGCACCACTACGAAACCAGTAT CATCAATAAGTACTGGTTTCAAATGGTGCTAGACTAGTTCAAAAATTACTTCTATGCACCACTACGAAACCAGTATTCACTGAC AAAGTCATGTAAATTAAATAAAATATTTTACACATCTGAAAAGAAATATAAAATGTATTTTAACAAATTAATAATTTACAGTAGAAAATTATAACATAAGTGATCAGTAATTAATTTCGTTAGATTTCGTACTTAATAACCTAACATATTAAAGATTACACAATACACTATAATATTTGTTATAACTTTTTTTTTCCAGAGAAATATTGAATATTATGAAGAAACACATGCAAATATATGAGCAATATGAATATTTAGAATGTGGTATAGATATTTTGTTCTGATTATATGTTATATAAAATAATAAATAAAACTCACTTTGTATTGATATAAATGTAATATGTACTACTTAATTTTTAATTTCACCATGAAAGATAAACAAATGACAGTAAAATATATATGTATACAAAAAAAAATAAAAATACAATTATACATTTATATGCAAATTATATAGCTTAATAGGTACCTCTACTAATAATGAATAAGATCTTCTGAAGACGTCACATCAATAAGTACTGGTTTCAAATGGTGCTAGACTAGTTCAAAAATTACTTCTATGCACCACTACGAAACCAGTATTCACTGACGTTTAACAATCCGAATACACAGCTCTCGTTTATATACTATGTAAGGATACACTTTGATACATCCAAAAG 3 2 5' arm Aphis_gossypii mirnest mir-29 3e-16 api-mir-29 0.000000000001 -25.7 ..(((...((((((((((((...((((((((((..(((.........))))))).))))))....))))))))))))...))). (-25.7)