mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTAAACTTGGAAATGATT TTATTTCTTCTTTAGTGCAC TGATTATTTCTTCTTTAGTGCACATAAATGTATATGTTCTTTATCAATTTTACCGGTATTTTGTTTTAAACTTGGAAATGATTTTCAAAGTA TGATTATTTCTTCTTTAGTGCACATAAATGTATATGTTCTTTATCAATTTTACCGGTATTTTGTTTTAAACTTGGAAATGATTTTCAAAGTATCCTGCAATTCTACAACAAACAATTTGATGGACTCAGAAAACTATTTTGAAAGTGAGCCGTTTGCACTGCGAGAGCGAATCCTTCAAGATGGAACTGATATTAGATATCAACTCGTGGATTTATCCTATGGACTTGGGTGATAAATTCAGGCTAGTGTTAGCCACCACATTACGCGAGGATGGACAACCTGACGCTGGTGATTGGAACCCCATAGAAATGGATCAAAACGGCTCTAGGGCCGACAGTTTCGAGTATGTCATGTACGGCAAGATTTATCGGATCGAAGGTGACGACAAGGTGAAGGAGTCGCACAAAAACAAACTTGCCGCCTACGTATCATTCGGAGGATTATTGATGCGGCTGTTGGGCGATCCAAACAATTTACACGGATTCGAAGTGGACCAATGCGTTTACCTGCTGATGAAGAAATTAGCTTTTTAAAGTTATCTACAGTTAAGAAGGGGGGCTATAATAATTTTACTGAAGATGAACTATATACATTTTTATACAATTAAAATATAAGCATTACAAATGTATATTATAATG 3 1 3' arm Aphis_gossypii mirnest 100 100 -11.3 .((((((((((..(((((.(((.(((...(((.((...........))..)))...)))..))).)))))...))))))))))......... (-11.3)