mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCCTGTAGATCCGAATTTGT AAATTCGGTTCTAGAGAGGTTT TGTAGTGATGCTCTACATCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTGAAAAACGGCGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTGCATATTCCT GGACCCCCGGGATCGAGCAGGTCCTCTCTCGCATTGCTCTTGTCGTCACCAATGATGACTCACTCACCGAGCGGGACACTCCACCGCTACTGACGTCACCGCTGCTACTGTCCGGTCGTACTACACGACTGTATGAGTACCATTTGGTCGAGTGGTAATTGTACAGAGGGCCACCAATCTTCATCATCATCACACGGTGGTTATGGAAACCGTCCGTCTTCGGTGTAGTGATGCTCTACATCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTGAAAAACGGCGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTGCATATTCCTTACGACCAGAATTTTTATCGTCCATGTGTGGTGGCCCCGACGGCAGCTTAGTTGTTAAATATATATATATTATATTATATCATATTATACATTTGTACTTTTATACATATAAATATCATATATATATATACAAATATTTATAAGCACTGATCATCAACATAAAACAAATTAAGTTATGTACTTTTTTATGACTGAAATATACAAACAATAATAATTAATAATTATAACTACATATATTATATTTCAACGTTTAATTTCAAACATTTAAAAAAATGAATACTACCAAATTGTTCTAAGATTTTTATAAAAAAAACCAACTTGACGATAATGTTATAAATACTTCGTACCTATAAGAAAAAATAATTTAAATTGGAAATTAAATTGTTATATGTAAATT 2 1 5' arm Aphis_gossypii mirnest mir-10 3e-26 api-mir-10 7e-42 -32.8 .......((((.((((((..(((((.((((.(((((((((((...........))))))))))).)))).)).)))..)))))).))))...... (-32.8)