mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGATACATTTAGTATACGTAC TACGTATACTGAAGGTATACCGG ACCACTTTGGGACGATCGGTATGGTACCCTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGACAGTTTTATAATGCACTCAGGATACATTTAGTATACGTACAGGGTGCCACGCATTATTCGTCGAGTCGA TGTACCTATTTCGATGTTATTATTATGTAACATATTTTAATGTGCGTGTGTGTGTATTAAATGCGCAACCGCCACAATGCATTAATTTATTTTTTGTAACAATCTTAATATTTTGCATGTTAAAAATAAAATGACAAATCGTTATGTGTGTTTATGTAGTAGGTATGCACCTAATATGTATATAAAAATAAAATTGTACGCGAAAAGGCGGCGGTGATGACGTCGTAGGCAGCACCACGGGACCACTTTGGGACGATCGGTATGGTACCCTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGACAGTTTTATAATGCACTCAGGATACATTTAGTATACGTACAGGGTGCCACGCATTATTCGTCGAGTCGACATTTGCAGCTCAGCAGCGGCGCTCGGTGGAGGGCGGACCGCCGGCGGACGGACGGACCGAGGAACTGCAGCAGCTCATTGTGAATCACATTGTAACCGGTGCCACACATCTCTGTTATTGTTTTTCGTTTCCTCTTCACTTCCGCGCCGCTGTAGTATAGCCGCCGCACCATTGTGTTATGGAATAATAATATATTATGCAGTACGCGACGTTCGGTCGTGTGTGTACATTGCGGGCATAATCCGTTGATTCCGATTCTCCA 1 2 3' arm Aphis_gossypii mirnest mir-iab-4 3e-42 api-mir-iab-4 9e-36 -46.7 .(((...)))(((((...((.(((((((((((.((((((((((((.((((.((.((..((........))..)).)))))).))))))))))))))))))))))).)).....)))))....... (-46.7)