mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTTGAAACCAGTA CTGGTTTCGTAGTGGTGCATAGA TGTGTATTCGGATTGTTAAACGTCAGTGAATACTGGTTTCGTAGTGGTGCATAGAAGTAATTTTTGAACTAGTCTAGCACCATTTGAAACCAGTACTTATTGGATGTGACCGTCTTCAGAAGAT TTCGTTGTTTTCGTCGTCTATCGTTTTACTCTCCCTCGATTCATTCGTTCCCGACGGTCGTTGTCGTTAGTGGCGGCGTTTACACCCCCGAAGAAAGACGGCCTAAGGCATATCGCGCTTATCACTGTTAGACGAATTGCCTATCACTAGATGGGAACAATGAAAACAACAAGCGTTCAGTTAAAAATTTTCGCTAGATTTAACTAAACACAAAAAAGAAAGAAAAACGAGTTTTATTCATTGACCAACACACGAAGCCTTATAATATTGTTACCAGACACCGGTCAGTATGAGACTGTAAGCCACCAGGTATCGGGTTTGCGACAGTCGTCTTGCATTACCACGTGTTCCCACCCATCAACCCTGAGGAAATTGTACTCGCATGGGAATGGAAACAAATGAGTACCTGCCTACTGTTATATTTTATGCAACGTCGCTGCTGCACACCTTTTCCCTCTATATGCGATAATAGGATAGATCATCATAGAACAAAACTATTTTGCGTATATAAGTCAAAGGATTCCCGACGGACAAGCACAGTATTCACAACACTCTTCTTTTGGATGTATCAAAGTGTATCCTTACATAGTATATAAAACGAGAGCTGTGTATTCGGATTGTTAAACGTCAGTGAATACTGGTTTCGTAGTGGTGCATAGAAGTAATTTTTGAACTAGTCTAGCACCATTTGAAACCAGTACTTATTGGATGTGACCGTCTTCAGAAGATCTTATTCATTATTAGTAGA 1 2 3' arm Aphis_gossypii mirnest mir-29 5e-16 api-mir-29 0.000000000002 -41 .........((((.((((....(((((((.((((((((((..((((((((.(((((((.........)))..)))))))))))).)))))))))).)))))))...)))).))))......... (-41)