mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACCGGACATTGTAAGAACG TTCTTATAATGTTCGGTTAGT TCCTTCAACCACAATTAGGGCCGTTCTTATAATGTTCGGTTAGTGCCTGATAACGCTAACCGAAAGAATTTATCATGTGTTAATCGATAGAATTCTACCGGTTAGTCTTAACTTTTAACCGGACATTGTAAGAACGGCCCTTAGTGAGGAAAATCA TTTTTATCGTTAAATTGAATATATATGAAAAATCTTAAGATTTATTAAAATAAAATATCAATTGTATTTGTATGTATATTATTGAAAAAATAATTTAAAGATAAAACTTTACAAGTTGGTAATTTACACATCAATTAAATAATAATTAAATTCATAAGGAAAAGACTTGATAATTTAAAATTAACCAATGTGAATTTACTAAACAAAATAAAATGTACATAAAATCAGAATCAGATTAAAATGAATACAATAGATACACAACATGACATTTATATTATTATTTATCTTCATTATTTTAATTTGGATTAGACTTAAGTGAAGCATGGAAATAAGAGACAAGTAGATACTTATTTCCTACCTCCTTCAACCACAATTAGGGCCGTTCTTATAATGTTCGGTTAGTGCCTGATAACGCTAACCGAAAGAATTTATCATGTGTTAATCGATAGAATTCTACCGGTTAGTCTTAACTTTTAACCGGACATTGTAAGAACGGCCCTTAGTGAGGAAAATCAAAATTAAAATAATGATTGTATAGATGTAGTGTATCTTTGTATCTATAATGTCCTTAATCTATGTCACTCGTTGAATGTATATATTTTAGTTGAGAATTATA 0 0 3' arm Aphis_gossypii mirnest 100 api-mir-3015b 0.0001 -60.7 ........((.((...(((((((((((((((((((((((((((.......(((.((((((((..((((((((((...........)))).))))))..)))))))).)))....)))))))))))))))))))))))))))...)).))....... (-60.7)