mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCGTTATATCCGACGTCGG GACGCGGATACTCGATGCA AGGATATTGCGGGTTGCCGATTTGTCTCTGCACACGGAGCTAGTGGTAACCTCTCGTTATATCCGACGTCGGGGAAAGACGTGAGTCTGAACTTCGACGCGGATACTCGATGCACCACAATTAGGGACGTAAAGTGGAGACATAATTCGGCGATCCGAAAAA GTCTTCAATATTATATTGTCAAATAACGAAGACCGGAGACCTGGAGACCCACCGAAGGCGATTATCCGCGAAGAACGACGACGTACCACGAAGCTCAAGAGGAACGACCATTGAACGACACCCGCCGAAATCCTGTGCGCATCTCACGCCGCGCATCGCCTCCAGACCCAAACAACGGAAACGGATACCGGCGCGATCAGCCGTAACCGACCGATACGATCCCGTGCGCAACTCCCAGTGAGCATCGCCACATTCTGATCGTACGGAAGGAAAACGACGAGCTACCTTGACGATCACGGATTGCGACATCGAGCGATCAACGTAATCCCGTGCGCATTCCATATCACGCATCGACGCAACGTCAAAACAACGACGACAGACGCCGACGCGGTCAGCCATAGTCGATCGGTACGAACCCGTGCGCAACTCACACCGAGCATCGCCACAAACTGTTCGTATCGAATAACGACTCCAGGATATTGCGGGTTGCCGATTTGTCTCTGCACACGGAGCTAGTGGTAACCTCTCGTTATATCCGACGTCGGGGAAAGACGTGAGTCTGAACTTCGACGCGGATACTCGATGCACCACAATTAGGGACGTAAAGTGGAGACATAATTCGGCGATCCGAAAAAACGTCAACGTTTCATTTCAGGCGGACACATCGAATGAATTAAGTTGGAAGGAACCAAAATTATCATCTCTAGGACAAGTATAAATAATATATTTCCCCATGCGCGCCTGCATAGGCCTCGCTTGACCCGAACGGGTACTGCGATTAGACGCCACTTATTTTGAGCGGGCCTTATCACAATACCTCCGTTCATTCCCCACAGAAATGTATTAATAGCCATACTACTAATATCATGTATATATTGACATTGTAATTTTAAATTATTTATGAACCGAATAAAATAACAAGTTATATTT 4 2 5' arm Aphis_gossypii mirnest 100 api-mir-3022 0.0001 -63.2 ......((.(((((((((((..(((((((((..(((...((.(((((......(((...((((((.((((((((..((((....))))...))))))))))))))..)))...)))))......)).)))...)))))))))....)))))))))))..)). (-63.2)