mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAATTGTTTAATCGCTA GAATATGAAACACTTTCTGTA TTGAATGCTGAATACTTGAATAGAATATGAAACACTTTCTGTATTGTTGGAGAATTGTTTAATCGCTATGGTAGGTGTGGTTCTTGT CTCGGGCGAGGCAAGTCCTCCCGTCGGGGAGTATCAACATGAGAGAAGAGATCCAGGTACCAGGAAGAGTAAAGAGTTCGTTCGGAAATGACACCGACCAGGCAGAGTCGATCGTGCGTTCCCGTCTTCTCGGAGTGTTGAAAGTTATTGAATTTTTATGCTTTATGGAACTGTATGTTTGGATATTGTATAATGAGTTATCGAATGAAATTAGACTTCAACATTTTGTGTCTCCCACCTCCTTGATCTACTCCATGAACTCCATCTCCTGTCTTCTAACGGCAGTCAGGACGATATCCGGGGAAAAACTTTTAAATAAAAATGTTGTTGCCGTGGGCCCAGCCTTAGTAACCGGCTGGCGCACCGCGACATCTGGGGGCTCAACTTTAGAGGATGAGCCTGATGGAGATAGATTATAAGGGAGATGCGCAATGAAAACATGGAAAAATTCAAAAATTCAAAAACCGAACTTTGAAAAATATACAACGAAAATTTCAACATTTACAACATACAACAGCTGGAAATCGAATCGAATTGTTTGAATGCTGAATACTTGAATAGAATATGAAACACTTTCTGTATTGTTGGAGAATTGTTTAATCGCTATGGTAGGTGTGGTTCTTGTTAGAACAGTTTGACATTGTTCAATAACCTCAAG 4 2 3' arm Clytia_hemisphaerica mirnest 100 100 -14.7 ......(((..(((((((.((((...((.(((((.((((((......))))))..))))).))..))))..))))))))))...... (-14.7)