mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACGTTTTGTGGTACTTGTGT ATGGGTTACACAGTCATGTATT TGTGATGGGTTACACAGTCATGTATTGGTAGAACTTAACAAAGATTTTACGTTTTGTGGTACTTGTGTAGTAAATGG GCCACCTGTCTATCTGATCCACATTAGCATTGTGATGGGTTACACAGTCATGTATTGGTAGAACTTAACAAAGATTTTACGTTTTGTGGTACTTGTGTAGTAAATGGTGTTTGTAAGTTTATTCCGTAATAATTGGGCAGTTGATGCATTTTAAGGNGATTTATA 5 1 3' arm Ciona_savignyi mirnest 100 100 -12.3 ....((((((..(((((..(((((..(((..............))).))))).)))))..))))))........... (-12.3)