mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAATGATGTGTGCACTGAA CTTTGCACCAATACTCAAA ATACTATGATTAATAATGTTGTGAAATGATGTGTGCACTGAATGATTCTTTGCACCAATACTCAAAAAACTACTTAGTCATATG GNACATATATTGTATTTTATCCAGAGTATGTACATATTCTTAACCAGAGGATTTTAAACACCAGCATTATATGTGGCCAACATCACATACCAGTCTGACATTCTGTTTAGATTTTTTTACCGTATCAGCAATATCTCAATATATGGGTTAAATGTATACAAAGTATACTATGATTAATAATGTTGTGAAATGATGTGTGCACTGAATGATTCTTTGCACCAATACTCAAAAAACTACTTAGTCATATGAACTTTCTAATAGTTATAAGTACAATATTCAATCACTGACTTACATAAGCATTACATGTGTTTTCAACATCTTTGTGATGACATCGAATTAATTGCCGTTTATTATTGAGATAAACGAATGTCCCACCACCAAACAGCATGGAGAAAAACATTGTTGTCAAAGTGCCATATCTTGAGTGTTTGTTTCCGTATGCTGACGCACTGGTGGTCAGTGTGCTTCTTTGGATGATTGAAGCAGAAAGATGTGGATTCGAAGATAATTGTAATGCTTCGTGATACTTCACACCACATACATATGAAAATGTATGGGAGCGAAAAAAAGTGTTCATCACTGATTGAAACTCTTTGGCGCAATGCCTATTAAGAACATAAAACATGGTTACGATAACGTAACCTTAC 4 2 5' arm Ciona_savignyi mirnest 100 100 -17.8 ....(((((((((....(((.(((..((.((.(((((..(((...)))..))))))).)).)))...)))...))))))))).. (-17.8)