mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTCTTCCTCTTCCTCTTCTT GGAAAGGAAGAGGTGGGTCTGTT CTTCTGCTGCTGCTGGAGTTACTTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCAAGGAAAGGAAGAGGTGGGTCTGTTCAACCAGCTCAGCCTC TACAGACCACAATGAATAATAACATCAATAACACTACACTCACTCACTCCTTCTCTCTTCTCAGTGTACCACACGCTGCCACTGCCCACTGCCACTATGGCCCAGCGTCAACTCTCTCCTTTTCCCTACCCTTCCACCTCCTCTTTTGTCTTCCACTTTACTCTCCCACTACCACTCCTTTGAATCAAACACAACACTTTCACATTCACAGCTTCACAACCAACCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTTCTCTCTTTTTCTTGTCATACAGACCACAATGAATAATAACATCAATAACACTACACTTTAGCCTCCCACCACACCTCTCCTCCCCCCAATGGGTTCAGACGCTGCTGCCACCAAACTCTCCTCTTCTGAGTCCCTCAACGGTTTGAAATTCGGCCAAAAAATCTATTTTGAGGATGTGGGTCTGGCTACTCCAGCCTCTTCTCTTACTTCTGCTGCTGCTGGAGTTACTTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCAAGGAAAGGAAGAGGTGGGTCTGTTCAACCAGCTCAGCCTC 4 2 5' arm Phaseolus_vulgaris mirnest 100 100 -33.4 .....((((..(((((....((.(((.(((((((((.((((...)))).))))))))).)))...))....))))).))))... (-33.4)