mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCACCTCTCTCCTGGCAGG AAAACTTAAGCAAACCAGTTATAGGGCACCTCTCTCCTGGCAGGTGAAGGGTCACCCTTTTTGCAGCTTCCAAAAGTCAGTGGCAATAACTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTGGCTGCTTTAGCTTAATCA GACACAAGCACCAATTCAAGGTCAAAACTTAAGCAAACCAGTTATAGGGCACCTCTCTCCTGGCAGGTGAAGGGTCACCCTTTTTGCAGCTTCCAAAAGTCAGTGGCAATAACTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTGGCTGCTTTAGCTTAATCACATACAGTGGTGGCAGATAAAAGTAAAAAATCTGCAACAACCAAGATACTAAGAGATCTACTTCAGTAGTTGCTGCAAGGTCCATTACTTACTAGAGCTCCATTCTAATTTCATAAAGCATTGATAGTGATTTTGCTCCACACAGAACAAGATCAGGTACCATCCTCTTCCTTTATAAAAGTCTACCTAGCCTGTTGAAATTCCTCCATGGTGTGCAGAAGATAGTGGAAGACTACTAATTCAGTCATTCAATGATGATGAAAAGCATTATATGTGCACCCAGAGGAAACAAATGAAAACAGAGTAGGAAGAGAAGAATAGAATCTGATCTATTATTCATGTGTATTGAAAAAAATACAGCACCAGACTATTTATAAAATAAATAAACTAAGTAAAAGGACTAAAGAGAAAATAAAAGGTAAACCCAATAGAATACAAAAATAATGAAGCCCAATATCCTCCCTCAAGCTAAAGGTTGATAATTTTTCAACCCAAGCTTGGAAACCATCGTACTAAAAATGGATTGAGGAAGGACTTTGGTGAAAATGTCTGCAGGTTGGTCAAAATCCTTGATGGGGAGCAAATGANATAATCCAGTTTGTAGTTTTTCTCTAACAACGTGGCAATCTATTTCGATATGCTTTGTGTGTTCGTGAAAAACAAGATTTGAAGCAATGTGTCAGACAACTTGATTGTCGCAAAACAGGTTGGCACTTCGTTGAATATTGATC 3 0 3' arm Phaseolus_vulgaris mirnest mir-399 0.000000000002 pvu-MIR399a 0.000000000000007 -54.5 .....(((((((((.(((((((((((((.((((((..((((((((((((((...))))))((((.(((..........))).))))..))))))))..)))))).))))))))))))).))).))))))... (-54.5)