mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTCTTCATCATCATCATCG CTGATTATGGGAGGTATAG TTTATATCCAGATTTCTTCATCATCATCATCGCCTGCAACTAAACCACAACCGATCAACATTCTTTCTTTCTTACTCCATGACAATAGTGAAAGGACCTGCTTCCAACCTAAATCTTTCCGAAGCTGACGATAAGAACTTGGAGTTTTTGATAGAAGCTTTCGGTTCAATGATATCTCCCGATGACATGGCGTCCGCGTACTGCCAAGCGGGATACGATCTAAATAAAGCAAGTGATATACTATATGCTATGCTCGGAAGCTCTTCCAACAACGACAAATACATACCAACAGAAGATTCGACTAGAGCACCTGCATCATCAGTCGGTGTAACCGTCGGTACAGTTTCTGGTGTTAACGGTGCTTACTATCCAACATCAAGAACTTCAACCAACGAACCTGCAACGGTTCTTTCTAGAGCTAAGCTCAGAACCTCTGGTGTATCAGTGGGTACGGTATCGGGTATAATCGGTGCTGATTATGGGAGGTATAGGGCTAATG TTCTTATTTCTAGGGAAACAAACAAACTAACTTCTCAGGGAAGGAAAAGAGTGTTCCCCCTTTCTTCATAATCAAACAACCAACACTAGTAGTAGTACAACTTTCTTCTCATTTATATCCAGATTTCTTCATCATCATCATCGCCTGCAACTAAACCACAACCGATCAACATTCTTTCTTTCTTACTCCATGACAATAGTGAAAGGACCTGCTTCCAACCTAAATCTTTCCGAAGCTGACGATAAGAACTTGGAGTTTTTGATAGAAGCTTTCGGTTCAATGATATCTCCCGATGACATGGCGTCCGCGTACTGCCAAGCGGGATACGATCTAAATAAAGCAAGTGATATACTATATGCTATGCTCGGAAGCTCTTCCAACAACGACAAATACATACCAACAGAAGATTCGACTAGAGCACCTGCATCATCAGTCGGTGTAACCGTCGGTACAGTTTCTGGTGTTAACGGTGCTTACTATCCAACATCAAGAACTTCAACCAACGAACCTGCAACGGTTCTTTCTAGAGCTAAGCTCAGAACCTCTGGTGTATCAGTGGGTACGGTATCGGGTATAATCGGTGCTGATTATGGGAGGTATAGGGCTAATGCTAGAAGAAACTGTGAAACTACAAAACCGGTGAAGTTGATGTCGAATGAGTTTCCTGAATCTCAGATATGGGATGAGAAACCGCAGTCGGTAAATAATGCACCGACTGAAACTATGAACAGTGATATCGA 3 2 5' arm Helianthus_tuberosus mirnest 100 100 -102.7 ....((.((..((..((((.((((.((((.((((......((.(((..((((((......((((.((......((((((.......(((..........(((((................)))))...........)))))))))....)).))))....))))))...(((((((.((((.(((..(((((.........))))).(((((......((((..((.((((.(((......))).)))).)).(((((...(((((.........................)))))))))).))))...)))))..((((((.((((...))))..(((..(((((.(((((((...((((.....)))).))))))).)))))...)))...(((((......))))).((((.((((...))))))))...))))))..))).))))...)))))))))).))...)))).)))).)))))))).))..)).))... (-102.7)