mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT CTGGGAAAAGGCAGAGCAAG AGAGAAGAGACAGGACAAAGGCTGGGAAAAGGCAGAGCAAGAATGTAGCTATTGACAGAAATGGTGAAGTGAGAATGAGAGGAGAGAGATATCTGTTGTGGCTACGCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTCTCTTTCTTGTTCC ATGATGTTGATGAGGATAGAGGTAAGTTAGTCTATCCAAAGTTTGAGGGGTCAAAGAGAAGAGACAGGACAAAGGCTGGGAAAAGGCAGAGCAAGAATGTAGCTATTGACAGAAATGGTGAAGTGAGAATGAGAGGAGAGAGATATCTGTTGTGGCTACGCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTCTCTTTCTTGTTCCCTCTTCTTTTATTTATGTATTTACTATTAAAAAGGGTTTTAATCATGTGTGTGATCTACTAAGCAATCTGATTGGCTCTATAGCTGGAGAATGCTCTGATTGATGCAATGTTTTTTAAACTTTGCATCAGCTCTTTTGGATCCACTCCTATTACTGCTAATGTGGTATCTCATGCACAATTGTCAAGTTCCATACATTCACAGTTGTCTGGTTGTGATTGTTTTTATGTCTGTTTTTTTTAAGGTTAATAATTGCTTCCACTGTGTTAACTCATTGGCAAGATCTTTAGGTTTCTGACAAGTGGGGGAAGAAAGAATTCTCAACCAACCATCCTCTTGGATCAAGTATTTATTAGTAAAAATCAAACTCTTCGATCGTGACTCGATTATGTAACTTGCAACAATCTTTTCCTGAACAATTATACGGAACTTGTGATCTTGAATCAAATTGATATTAGATCAAGCGTTTATCACTACATCAAAAAGTTACAAGTGAAAGTCACGAGACAACTCCTTGGTCAAGAGAGGACTAATCCATGCACAGCAATTCGATTTTTAGTCCCAATGAATAATTGGAAATTGATAGCACTTGCAACACAAGCTGCCCTCCCGGGTGATTACATTTTGGGAACAATTGTAGGACAGCTTATCTGCCAATTTT 2 1 3' arm Phaseolus_vulgaris mirnest MIR408 3e-33 ahy-MIR408 0.000000000002 -50.2 .(((((((((.((......(((((((((.((((((.(((.((.(((((((((.((((((.((..........................)).))))))))))))))).)).))).)))))).))))).)))))).)))).)))))..... (-50.2)