mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCGTCGTCATCATCATCA GATGTGATGACATAATGGGG AAACGAGCATCATCATCATCTTCATCGTCGTCATCATCATCACCTGTGTCTTCTAGTTCTCTATCTTCACCATCCTCCAGCAATCATGCTGCGGATTCACATGGTTCCAAAGAGGTTGGAGAAGAGAGCTTTTACGACACAGGTGGATGTGATGACATAATGGGGTTGATCGGTGCTGGAGAT GTTTGAATAGAACAGGTAAGAGTTGCAGGTTACGGTGGGTTAATTACCTCCACCCTGATCTCAAACGAGGGAAGCTGACATCCCAAGAAGAACACCTCGTCATTGAGCTTCATTCCAAATGGGGAAATAGGTTTGAGAACCATGCAGAAACTAAACTATAAGCTACCTGCTTATGACTCCAAATTTTTCATCTCTTTCAATCTTTTCTTACTCTATTTATGTCTGTCATATTATTCACTCTTCACCTTATTTTGTTGATTAGTTACTTGAACTGTGTTGCTCACTTTAATGCTCCCTTGCAGATGGTCAAGAATTGCTCGGAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATCAAGAATTTCTGGAGGACCCACATGAGGAAAAAGAAGGCTCTAGAGAAAAAACGAGCATCATCATCATCTTCATCGTCGTCATCATCATCACCTGTGTCTTCTAGTTCTCTATCTTCACCATCCTCCAGCAATCATGCTGCGGATTCACATGGTTCCAAAGAGGTTGGAGAAGAGAGCTTTTACGACACAGGTGGATGTGATGACATAATGGGGTTGATCGGTGCTGGAGATGAGGAAGGTGGTGAAAAAGGGTACTCTTTGGATGATATATGGGAAGATATTGTTATGTCAGAAGAGAAGGACATGTATGATATTCTGCAACCTGTGTATGAAGGGCACAGTGAAGAGGGATGCAACTTCTCGTGTCCATATCCAATGATTTATTCTCCATCATCATGGGAGTACAATTCTTCTCATCCCTTATGGGTGATGGATGAAGAAGAAAGTAGCAAGATGTTGTTTCCTACATTAACTGACCAATACTATTCCTGCTATGAACAAGGGAATGATGCATTTCTAACTGGCTAACTAGGGTTCATGATATTTTTTTAATCAATATCTTGTTGTAGTTGTCTGTGCCATCTGTCAGAATAAGAAAGCTTGACATGTACAGCACAATATCTTTGAGCTTTGGGCATGGTTCTCCATAGTGTGACACAGCTGTGATGAATCCCAAGAGTAACTGTAGTGTATTTCAGTGTTTGTGTTTTTGCTTTAAACCAACATCCAATAGTGAGGTTGTATGTTCTGAATGTAAAATAATAATATACATGAGCACTTGTTT 3 1 5' arm Phaseolus_vulgaris mirnest 100 100 -68 .....((((((((((....((((((.((.((((((((..(((((((((((....((((((((.((((((....(((((((((....))))).(((.((....)).)))...)))).)))))))))))))).....)))))))))))..)))))))))).)))))).)))).))))))...... (-68)