mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTATGAGGAGCCATGCATA TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA TTTTGTATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGCCCACCGGAGCATCGATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTCCTA CCTTCTTTCCCTCTCAAAATAACACATACAAACCCCACACATCAAAATAAAATACCAGGATTTAGCTTCTCTCTATTAGCCTTCTTTTATGCCAATTCTTTAGGGTTTTAATTCATTTTGTTTTTCTTGTTTAATTTCATGTGGGACTTTTCAAACACCAATCTTCCCCCTTATTTGATTATGACCCAGTTCCTGTTTTCCATACATCTCTCCCCTCCATAAATACCACTCTCCCCTCCTCTCTCTTTCCCTTCAATCTCTACCCTTCTCTATTTCTGTCTCTCTCTCTCTCCCTGTCTGTCTTTGTTTGCCCTAATTTTGCTCCTCCTGTAGCACTTTCTTCTCCTCGAATTGTAAGCATAGAGAAGACAAATTTTTTCATCTATTTTAGATGCATACTTGTATATTCACTTCTTGCTCTTGCATTGAACATTCATGCTCATACATATATATTTATATATAATATAATATACGCATCACATACAATCATGGATCATACATAAGATACATGCTTACATAGTTAGAGAAATGCTTATTTTAAGCTTTAATCATCATGCATCATCATCATTATCATATCATGCATATAAACATATATTTTTGTATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGCCCACCGGAGCATCGATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTCCTATTTATATTATATATCTATGGTATATATATATTTTATGCAGATTGTTTTCATTTATGATCTTATCTAGCGAGGAAGATGGCATTAATGGAGAAATTTGAAGAGGGCAGCATTGTAATTTCGAAAAGATTCAGGTTCTTTGAAGTTACTTTCACTTTATTTATCTTCTTTCTGGAATATCATTATTCTTCTCATGATTTAGGGTTTTTATCTATTTTTCTTTTAAGTCTCTTCTTTGTTTTTATTTTTCATTGTGTGATGCTTATCTTTAAACCTTTGGCAGAGAGGATATTAGATGAATTATATTTAAGTTTTCTGTTTGGGAATAATTTCCATAACCAGAGGTCTCATGTGTACTCTCTATGACTTGATTTATAAATATCGGTATTACTACACTTGTATCGAGGGATCTGATAATAATAAAAAATTTCAAATCTTTCCTGCCTCTAAATTATTACAATTACATTGAAAATTATAAATACAAAACCTGACATCATGGGAGTTATATACATATACTTATGATGCTACATCCATCTTGTAAGAAAGCTTGTCTCC 2 0 3' arm Ricinus_communis mirnest mir-160 3e-35 vvi-MIR160e 4e-37 -44.7 ......((((((.(((((((.((((((((((((((.(((.(((.(((....))).))).))).)))))))))))))).))))))).))))))..... (-44.7)