mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCTTCCTCTTCTTCTTCTT GAAGATGAAGGGAAGGGAA TAGGATGAAGTAGAAGATGAAGGGAAGGGAAGGGATTTGATGTAGGCAACATACAATTAAAGAGGAGAAAAATGGGAATGGAGAATCGGTATAGGAGTGAAGATGAACCTTTAGGAAAGCCCTATAGGAGTAAGCACAATAATGTTCATGATCAGCTTCTTGAATGCACAACTTCTGGTTCCTCCTCTTCTTTATCCTCACCTGTAGAATCCCCCTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCC TCTTCCAATCGCCATCTTTTAAACGTCTATCAATCTATCCAATCCAATTCCCATGAAGATATATTCATGGGTGGATTTCTATCCTATCTTAGGATGAAGTAGAAGATGAAGGGAAGGGAAGGGATTTGATGTAGGCAACATACAATTAAAGAGGAGAAAAATGGGAATGGAGAATCGGTATAGGAGTGAAGATGAACCTTTAGGAAAGCCCTATAGGAGTAAGCACAATAATGTTCATGATCAGCTTCTTGAATGCACAACTTCTGGTTCCTCCTCTTCTTTATCCTCACCTGTAGAATCCCCCTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCCCCTTGTTGCTATGATGATGAACCTGACAGCCCGGAACCACAGTCACCTATCCCTGTATCCTATCCAGATATTTCAACTAGTCCACATAAATGGGCCATGATACCCATAGGCCAGCCTTCGGGCTACGATCCCAATCGAATTCCATTCTCTGTATTCGGCAGCAGGTCTAGTGCACCCATGGAATGGAGCGTTACATCGACTGAGTCGTTATTCAGCATTCACATGGGTAACAATAATAGCTTTTCTAG 2 2 3' arm Ipomoea_nil mirnest 100 100 -69.7 ..(((.((((.((((((.((((((((((((.(((((((....((((...........((((((((((......((((.(((((.....((((((((((...(((...(((.((((.....)))).))).((.((((......)))).)).))).))))))...)))).....))))).))))..))))))))))......))))..)))))))..))).))))).)))).)))))).)))).))). (-69.7)