mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGGATGTTGGCTGGCTCGATG ACGACGAGGAGGAGATATGAGGAGTTTGAGGGGGATGTTGGCTGGCTCGATGCACTTACTTATCATCTTCCTCAAAAACATGCGACATATACATACATATGGAAGATCATATATCTATAAATATATATTTGTCTTCCATATCCCATATATATATGTTGATGATGGTGGAGTGATGGCATCGGACCAGGCTTCATTCCTCCCAAAACACCCATATTTCTATCTGCTCT AGTAAACCACTTTCTCTAACAAAAAAGCCTAGAGAAGTCGTCGCAGCTATCTGGAAAGTGCGACGACAATTAGGTTTAGGGTTCGTTCGTAGGTCCGCTTTACGCGACCGACAACTCAGAGAACGTCGACGACGACGAGGAGGAGATATGAGGAGTTTGAGGGGGATGTTGGCTGGCTCGATGCACTTACTTATCATCTTCCTCAAAAACATGCGACATATACATACATATGGAAGATCATATATCTATAAATATATATTTGTCTTCCATATCCCATATATATATGTTGATGATGGTGGAGTGATGGCATCGGACCAGGCTTCATTCCTCCCAAAACACCCATATTTCTATCTGCTCTTTCAGGTTGTTTCTATCTACATGGCTTCACGCCGGAGGCCGGCCGGCCGGTGAGCTGGTTCTTGTTTTTCCGATCCCTTTGCCCTTTTGTTATGCAGATTAAAACTTAGTTAACTCTTTTTTTTTTT 2 2 3' arm Ipomoea_nil mirnest mir-166 1.0E-5 mtr-MIR166c 3.0E-6 -71.9 ......(((.(((((((((.((.((((..((((((((..((((((.(((((((..((((((((((((...............(((((((((.(((.((((((((((.((.((((.((....)).)))).))))))))))))....))).)))))))))..)))))).))))))..))))))).))).))).))))))))...)))).))))))))))).)))..... (-71.9)