mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCTTCCTCTTCTTCTTCTT GAAGATGAAGGGAAGGGAA TAGGATGAAGTAGAAGATGAAGGGAAGGGAAGGGATTTGATGTAGGCAACATACAATTAAAGAGGAGAAGTATCCTTGGATCTGTAACAACCCTGAAAAGGTTTGTGCCAATCCAAGGTGAAAATGGGAATGGAGAATCGGTATAGGAGTGAAGATGAACCTTTAGGAAAGCCCTATAGGAGTAAGCACAATAATGTTCATGATCAGCTTCTTGAATGCACAACTTCTGGTTCCTCCTCTTCTTTATCCTCACCTGTAGAATCCCCCTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCC CTTTTCTTCCAATCGCCATCTTTTAAACGTCTATCAATCTATCCAATCCAATTCCCATGAAGATATATTCATGGGTGGATTTCTATCCTATCTTAGGATGAAGTAGAAGATGAAGGGAAGGGAAGGGATTTGATGTAGGCAACATACAATTAAAGAGGAGAAGTATCCTTGGATCTGTAACAACCCTGAAAAGGTTTGTGCCAATCCAAGGTGAAAATGGGAATGGAGAATCGGTATAGGAGTGAAGATGAACCTTTAGGAAAGCCCTATAGGAGTAAGCACAATAATGTTCATGATCAGCTTCTTGAATGCACAACTTCTGGTTCCTCCTCTTCTTTATCCTCACCTGTAGAATCCCCCTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCCCCTTGTTGCTATGATGATGAACCTGACAGCCCGGAACCACAGTCACCTATCCCTGTATCCTATCCAGATATTTCAACTAGTCCACATAAATGGGCCATGATACCCATAGGCAGCCTTCGGGCTACGATCCCAATCGAATTCCATTCTCTGTATTCGGCAGCAGGTCTAGTGCACCCATGGAATGGAGCGTTACATCGACTGAGTCGTT 2 2 3' arm Ipomoea_nil mirnest 100 100 -86.7 ..(((.((((.((((((.((((((((((((.((((((((((...(((....(((((((...(((((......))))).))).))))((((.(((....))).))))))).)))..((((((....(((((.((((((((((...((..((((((.(((.(((.((((.....)))).))).((.((((......)))).))..))).))))........))..)).)))))).))))..))))).....))))))...)))))))..))).))))).)))).)))))).)))).))). (-86.7)