mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATCTTGATGATGATTCCT GAATCATCATAAAGATTCCAT ACATAATATCAGGAATCATCATAAAGATTCCATTCTTAACCAGCAAGTGATTTTGTTAGAATAGAATTTACATGGGATAGTTAAGTTCTATCCTAACAAAGTCACTTATTGTTTAAGAATGGAATCTTGATGATGATTCCTAATAAGAGA ATATTCATTATTAATACAGGGTGACATGCACATAATATCAGGAATCATCATAAAGATTCCATTCTTAACCAGCAAGTGATTTTGTTAGAATAGAATTTACATGGGATAGTTAAGTTCTATCCTAACAAAGTCACTTATTGTTTAAGAATGGAATCTTGATGATGATTCCTAATAAGAGATCCTCATTTGATAAGGGACAATAACTGACTAACTGTCAGATTCAAACTATCCTATACCAGAATCCAACAGCCATCTTAAACTAAACTGCATGTTTGTTGTCAAGATTCTTTGGTTCCATTTCAGTATCTTTAATGGCTCCTTCAGTTCCATCCTTGTACTCATACCACCTGGAAAATACTAGGAAGTACACAACATTTAAGATTCCCAGGCCTGTGATCATGAAATAGAAGTAGTCTAATCTTCCCTTGTTGAGATCTTCCGGCAACCAGTTTCCAGTTTTGGCGTTTTCTGTGGTTCTATGTACAATGGAGATCAAGAAGCTGTTGAGATAGCTGGAGGCCCCCATCCCCAAGAAGAAAAAGGACCCGGCGACGCTTCTCATGTTCTCCGGGAACTGCTTGTAGTAAAACTCCACCTGTCCGATGGCCGTGAACGCCTCCGCCAGCCCCGCCAGGGAGAGCTGGGGGACCAACCACAGCGCCGACATGGAAGAAATGGCGGCGCCTTTCGACGTCACCCCGGGCATCGGCCTGCTGAGCGCGACGCTGCGGCGGCGCTCCTCCA 1 0 3' arm Ipomoea_nil mirnest 100 100 -67.9 ......(((.((((((((((((.((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((.((((((((((...........)))))))))).))))))))))))))).))).)))))))))))))))).)))))))))))).)))..... (-67.9)