mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATAGCATCATGAGCAATCA ACTGCTCATGATGTTATAGCT TTATCCGAACATACTAAGAATGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTGGAATCTTAGCAGATTGACTGCTCATGATGTTATAGCTAATATAATTTCTCTAGCT ATAATGATCTTAATGACTTAATTAGTTGTGAAAGATCGATCAGAATTAATAATACATAATAATAATAATAATTATACATAATTAATACAGCACACCTAAAATTATCCGAACATACTAAGAATGTATAGCATCATGAGCAATCAGCCTTGGAATCTTAGCAGATTGACTGCTCATGATGTTATAGCTAATATAATTTCTCTAGCTAATTCCCTAGTAGGTTAATAATTTTTAGTGTGCTGTACGCAACGTGGGATAATAATCAACTTAACGTAATGTAACCACATTATACGTAGTTTTAATTTTGTACTCTGATCTGATATGATCTTAAGTTTCATGATCGGAAACCTCCTCCCCCGAAAGCCGCCGGAGCCCAATAGTCCGCCCCGTTATCACTCCCGACTTGAAGCGTGCATGATATCGGCACAAGACACAACCCTCTACTCCTCAAATCCTTCTTTGCTTCTTCATCACCATCCTGCGGCTGATGATGATCAGATGTTCCTTTCCTCTTCAAACAGTTGTCATTTAAGAGCTGACCAGGGTCTTCAGGGAATAAACTATTCCTCTCTGCACCTTGCACAAATGACTGTTGTTGATGCCTCATGTTATTTCCTGATCCATTGCCCAAGTAGGGCAAGCTAAGGGCCTCAATCTGGCTTTGAAGGAATCTAATGTACCCAATAGCTTCTAACAAGACAGAAGCAGTGTCAGTCTTCCCAAATGGAGAAACTAGTTGGTGAAGGGCAGTAATTCTATCTCCCAATTTTTCCTTCCT 3 0 5' arm Ipomoea_nil mirnest 100 100 -28.1 ........((((.......)))).((((((((((((((.((((..(((.........))).)))).)))))))))))))).(((((............))))) (-28.1)