mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTGTGTGTTTGTGTGTGTT TATATATAAATATATATGCAT TCATGTAGTAAAGCACGCAGATATACTGAGATCCACATATAACGCTCGCATATAAATTAATATATATATAAATATATATGCATGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCGTACTGATAATTAAAATT ACAAATCAATAACATTAACAAAAGATTTATCGCTAAATAAATTCAATTTACTATAAGAAAACCAAAAGAAAAAAGAAAAATATATATGTATTGCTCTGATTCGAAGAGTGAGTCGAAACTCATGTAGTAAAGCACGCAGATATACTGAGATCCACATATAACGCTCGCATATAAATTAATATATATATAAATATATATGCATGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCGTACTGATAATTAAAATTCAGCAGAGACTAAAATCTTTAGTTCGTTAAATCAAATCATTTAGGCTTAGGTAGG 2 0 3' arm Glossina_morsitans_morsitans mirnest 100 100 -46.5 .......((..((.((((((((((((....((.((((((((((((.((((((((.((....(((((((((((((((((.((....)).)))))))))))))))))..)).)))))))).)))).)))))))).))..)))))))))))).)).)).......... (-46.5)