mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTAAAGTCCAATAG GTGGGATGAAGTAGAGCTCCTTAAAGTCCAATAGAAGATCTGAGTGAGAACATAGAGCTGCTAGTTTATGGATCCCTCAAGTCCTATCTTTGTTGATGTATAGGCTTTGTGGCTTGCATACACTTGGAGCTTTATTACCCTCCTTATGATCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCATCATA ATTTCTCACCTTTCCTCTTTCTCTTTCTAGGGTTTTCAGTTTACAACCAAACCCTCTGATCAAAAAAATTAAAGGGTGTGTTTTTCTCACACATCTCTTGCAATAGATTCATGGGTTTCCCTTTGTATTCTCTCAAGTTTTGTTTTCTTTGCAAAAACCACTAGGTGGTTTTAGGGTTAGGTTTGTAGTGTCAAGATTCATATCTATTTTTTATATGCATCTATACAGGTTGGATGAAGTAGAGCTCCTTAAGTCCCAAGTTTGTTTATCCTACACGTCTTTTACAATAGAATCATGGGTTTCCTTTGTTTTCAAGTATTGTTTTCTTTGCAAAAACCTCTAGGTGGATTTAGGGTTAGGTTTTGTACTTTGTAGTGTCAAGATTTGTATTTTTGTATGGAAGTGGGATGAAGTAGAGCTCCTTAAAGTCCAATAGAAGATCTGAGTGAGAACATAGAGCTGCTAGTTTATGGATCCCTCAAGTCCTATCTTTGTTGATGTATAGGCTTTGTGGCTTGCATACACTTGGAGCTTTATTACCCTCCTTATGATCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCATCATATCTCATATTCTCATCTCATCTCTTCTTTTCCAAAGTGTTTATTTTTTTTAATTAAAACTGGTAACTATTTGAGTTTGTAATGAAGAATCTATCTATATTGTTGGATTTTTGGATAGATCTGTCCACATGATCATTTAGCTATTTGTTTTTTAATCCTATTGGTCAAGTTTCCATTATTGGTGCTTGAAGAAAGTCAAATGCATTTCTTCTACT 3 0 3' arm Helianthus_tuberosus mirnest MIR159 0.00000005 vvi-MIR159c 0.000000002 -58.1 ....((((..((((((((((((..(((((((.(((.((((((((.(((...((((((((...(((.((((((.((..((((.(((((............))))).)))).)).)).)))).)))...))))))))....))))))).)))).))).)))))))..))))))))))))..))))... (-58.1)