mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGGATCTTGTGAGGCTCT GCCTCATTCAGATCCTGGTAG TGTCCCACCCAGGCCTCATTCAGATCCTGGTAGAAGAGATGTTGCCCCATTGTGAGGTCCTTGGTGCTGACTGGGCCCAGGGCCTGAAGCTGGAGCCAGACCAGCAGCCTCAGGACACATCTAGCCCAGGCTCTCCCTAGCCTGTAGTCCCACTCTTGCAGGATCTTGTGAGGCTCTGAGGAGTGT TGGCTGTGCCATCAACTACCAGGGCATGAGTAACCTTTTGCCCCTGAAGGAACTGCGGTCTCTGTCGCTGCAGCGCTGCCCCAATGTGGATGACTGGTGCCTCAGCCGCCTCTACCTACTGGCTAACTCCCTGCAGGAGCTCTCGCTGGCCGGATGCCCCCGAGTCTCAGAACGGGGTCTTGCCTGCCTCCACCACCTCCAGAACCTCCAAAGGCTGGACATCTCAGACCTCCCTGCTGTGTCCCACCCAGGCCTCATTCAGATCCTGGTAGAAGAGATGTTGCCCCATTGTGAGGTCCTTGGTGCTGACTGGGCCCAGGGCCTGAAGCTGGAGCCAGACCAGCAGCCTCAGGACACATCTAGCCCAGGCTCTCCCTAGCCTGTAGTCCCACTCTTGCAGGATCTTGTGAGGCTCTGAGGAGTGTGATGTCTTCTCACTCTGGCTTCCAGTGGGGTTCATTCAACAGGAGCATTGGTAAATAAGAAGGCTGAGTCAGGGTTTTGACTGGTGTTTGCCTGCAGCTGGCAAACAGCTGGCACCATGGCAGACAGCCCTCCATGCATAGCTGCTCACAGCTCTACGGTTTCTCATTATCCCTGTTTGTCAAGAACATTCCCCCAAACTGTCCACATGCATGTCCCCAGCAACTGTGGCCGACATGAGATACTGCTGGCGCTTTACAGTGGTCGGTTCCTCCTTGTGCAGGGTTGGTCAGCACTACAGGTGGCCAGCATCCTTGGCCCACATTCATTAAAGGCCAGCAGTACCCCAAGCCCCATGGCATCACCCATTGATTTACTGAC 3 2 3' arm Peromyscus_maniculatus_bairdii mirnest 100 100 -62.5 .......((((((((((((..((((((((..(((..((((((.(((.((...)).)))((((((.(((.....)))))))))(((((.(((((.......)))))....)))))..)))))).((.((((((......))))))..)).....)))..)))))))).))))))).))).))..... (-62.5)