mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGTTCAAGGCCAGCCTGGT CAGGATGGCCAGGGCTACATA ACAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGATGGCCAGGGCTACATAGAGAAACCCTGTCTCGAA ATTTAAGCATTATGTACGTTTATAAAATACAATGTCAGTGTCCCATACCTTTAATTTAGCTACATTTTTGCTGAAAACACTAAATTTACATACCAAATGGTGAAACATAAGGTTATAATAAAGGTAAAAGAAGCAGTCTTTTTATGTAAAGCATTATGACAGAATTATTCACTGACCTGGTATTTAAAACCCAAAGTTTAACCTAAAAGAAACTGAAAGGAATTATTCAGTCTGTTGTTAACCGCTTCCTTTTGCATCTTTAATAGGTGTATATATACTGCATTAAATCTGAAATGCTTTGAAATACATAATCCTTTTTTTAATAGAACATATACAGAAAAATACACTACTATAGAGAGGATGTTGAAAGACTGGTATGAGCTGGATAGTGATGCACACCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGACAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGATGGCCAGGGCTACATAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAATAAAACAAAAAAACCAAAAACCAAAACAACAAAAGACTGGTGTATAACATTAAAAAAAAAAATCATTTTTTTTTTTTGTGAGCATAATTTCCTTTAATCCCTCCCTCCCCATTTCATAATAGTGTATCATTCTGAAGTTTAACCTGTCAAGTGAGTATAAAGTGATCCTGGATTTCAAGCCATTTAACATGAAAATGGAAATGTGAAGTTTTCTTAAAATTAGTTTTCATCTTCTGTCACATCTAATTCTTCATCATCTTCATCTTCTACTTGTTGGTCTTTCCTTGTTCGACAGGTGGTTATCTGTTAAGAATTAACACATGAAAAATAAAAACATGTTTTTACATG 3 2 5' arm Peromyscus_maniculatus_bairdii mirnest mir-1937 1.0E-6 mmu-mir-1195 5.0E-18 -42.8 ...((((((((....(((((((((((((..(((((.(((((.((........))..))))).))))).))))).))))))))...))))))))... (-42.8)