mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTTTTTTTTTTTTTA AAAAAAAAAAAAGCACACAAT TAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCACACAATACTCCATACTCAAGTTTTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTTTTTTAAAGCAAGATT ACCAGCTGCTGCGCTGTGCTCATATGTGTAAATGGAGTCCTGAAGACTATCAAGCTAAAACCCAGGCTGTGCCTTTTTCAGCAAATGGCTACAGATTGGTAGTGGAAGAGATGACCATTTATGGTCAGGTGCAGCTTGACTTGTGTGTTGCATAACTGATTTTTGTGGTCAGTACTCCATTTATCTGTTATGTCACTCTATTCCTAAGGGTTTTAATATTTATAGCCTTAAGTAGATTAGTTAAATATTAGAAAAATGCTTAATTTGAACTTTTTTGTGGAAATACTTTGTAATTGATCCAATTGCATTTTTTATGGTTTTTGCACTTTAATACACATGCTGCGTCTGGCTCCTAATCTGAGGTGACTACGGCATATCTCTTAGAGCAGGTGCAGTATCCTGGATTATCCTTAGTTGCCATGAATTTGAACGTGTAACTTAATTTAAAGAATTTGAAAAACAGAAATTCTAGATAACTCTAGAAAACCTTAATCCCCCTCCCTCCCATTTAAAAAGTAAATATTTGAACTTTGTAACTACTGTTACCACGTGTGTGGTGATACATCTATAGAAAATCATCCCCTAAAGAGAACTGGCCATCTCTGTTAAGTCTTGTCTTGGTTTCAAATCTTGGGGCTGTAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCACACAATACTCCATACTCAAGTTTTTTGTTTTGTGTTTTTTTTTTTTTTAAAGCAAGATTTTTTTTTGGAGGAGGA 4 0 3' arm Peromyscus_maniculatus_bairdii mirnest 100 100 -17.4 ............(((((((((((((((((((((.(((.........)))...))))...)))))))))))))))))........... (-17.4)