mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTTTTGTTTTGTGTTTTTT AAGATTAAGAATGAAACATGA TATAGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTTTACATTTCCCAAGATTAAGAATGAAACATGAAGGACATC TTTTACTTTCTCTGCTGTGTGTGGACTGAGATGCTACTCATGTACAGCAGCTGATCCTAAGTCCTGCACAGGCACACAGACTTGTCCTGCACTTCTTGACCGATGTTACTCTCTCAAGCCAGAAGGAACGAATTTTGTAAACAAGGGATGCATAGCCAACCTAGCATGCATTGCATCCATAACTTGCTGTGAAGGGGATCTGTGCAACGGTGCCGTACAAACAGGCCCCGGTGTCATCATGCTGCTGCTGTCTTCAGCTCTCATACCACTCTTTATTTAAGGCTCTGAATTTTTGCTCCTCTTCTGGTTTGTTGTTTGGTCCCTCTCCAGCTACACTGAAGTGACAACATGTTGCCACACGTAGTCAGAACAAACATGCAACCATGTTTTAAATCTTGTAATAGATGTGCCTCTTGTAAAAATTAAACAAAAATATGTAAGCCATGTATTAATAAAAAAAATGCTCAATTTATTAATTGCTGTATTGTAATAACTATGGTGTTATAAATGAACGGTCTCTGTTTTATTTGTTTTCAATTTCCACACAATTTGAATAATTCCCTGATTAACTAGTATAGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTTTACATTTCCCAAGATTAAGAATGAAACATGAAGGACATCAGGTTGTTTCAGTGTCCGCAAATCTATTAAATAGTTACTTAAGGGC 5 0 5' arm Fundulus_heteroclitus mirnest 100 100 -15.7 ....(((((((.(((((((((((..(((((...........)))))..))))))))))).)))))))... (-15.7)