mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCTCAGTTCAGCAGGAACAG GTGCCTGCTGTGCTGATAATCAGT CCCCTGTTGGGTCAGTCTCCTGTGCCTGCTGTGCTGATAATCAGTGTGTGACGTCGGCTGGCTCAGTTCAGCAGGAACAGGGGACTGTTCTCACTTCC ATAAGGAACAGGTGGACCTAACGATATCTGAAGTCGTCCGTAAAGAGAGCTGCAGGCATCTAATGCATCTCCTCGGCCTCGAAGCGAGAAATCGCTCCGCGCAATCGCGTCGTCCCCCAATATCCCCCCCCCCCAGGCCGTACTTCTAGCGGTGTCAGCGCGCGCGGGTTTTTCTTTTCGTCATTATCGTTTTTCCGAATGAGCATCGCTGCCTGTTTTTTTCGATCGTGTCTGAATCGTGTCTGTCTTTTCTATGTGTGTGAAAAATTACCTGTGTCGCCCCCCCCCCCTCCTCCTCCTCACCCCCCTGTTGGGTCAGTCTCCTGTGCCTGCTGTGCTGATAATCAGTGTGTGACGTCGGCTGGCTCAGTTCAGCAGGAACAGGGGACTGTTCTCACTTCCACGCACACTTAAACGTAAAAATGAAATCCCAGATAAGCATTATAGTCTCTCGTAATGCGGAAAAGCATTTCTGTTATTTTAATGTAGCCTTTAGATTTGACTAACTGACTGTTGACTGTGATATAAAGCTGTATTGTGTGTGTATTCTGGTACGATGATTGTAAATAAATAATCAGACCTGCAGCATGCTTATGCTTTTCAACACGAATCATGATGTTTTCTAGGTGTTCTGTATTGTAATGAATACTGTTGCTTCATGAATATAAAGGTGATTAAAATGAATTGGCTCGAGTGACAAAAAAAAAAGGGGGCGCGGCAGCCTCTGCGAGAATCACTCGACTAGTATTTTCTCTACACACACACACAAAGTGTGTGTGGGGGGGGCGCCACACACACACAAAACGACGGCGCGCGCGCAGACACGGGGGGGGGGGGTTGCCACACAGTCTCGCTCCTCCTCCTCTCCA 3 2 3' arm Fundulus_heteroclitus mirnest mir-24 5e-31 fru-mir-24-2 4e-37 -44.6 .......((((.(((((((((((.(((((((.(((((...(((((...........))))).))))).))))))).)))))))))))..))))..... (-44.6)