mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGCAGTGCTGCATCTCTGG TGAGATGAAGCACTGTAGCTC CTGCTTATTCCTGTGACCCATGATGCAGTGCTGCATCTCTGGTCAGTTGTAGTCTGAGATGAAGCACTGTAGCTCGGGACAGAGAAAAACAAT ATCGATCTGCATGTCTCTTAGTTCTGTTTACTGTAAACTTCTGATTTTTAATCCACTAATTTATTTAATTACTTCATACTGTTAAGTACAGTCACTGTTTTAAAGAAAAGCAAATGTGGTTGTCTTCAACCAGTGGTACCAGTAATGCATCAGAGAAGACGACAGCACAGCATATCAGCCTTCTCTGCTGGTTTCCGGAGGAAAACTTCTAGCAGCAACTCTGCTGATCTGCAGCAATCATTCAGGTGTTGCAATTTAATAGGCACGTTGATTTGGGGAAAGCAAAACACAACGGCTGTTCAGAGGATGAAGAAAGAACTGAAGAGCTAGTACTTCTATAAGCCACCCATAGTCTGCTTCCTGCTGTGTACATCCAAGAAGATGCACCTACTTCCTCAGTCTGCTGTGGTTTAAAAGGGAGTGGCTACAGCAAGATGAGGAGCTATGTAGGTTCTTTGGAAAGTATGCTCATTCCTATCTTCTTCAACCCAATCAATGCAGTTTTTTCCTTTAACAAATATTATGCTTAATGAGGGCAGTTAAAATTAAAATTTGCGTTTGTTTGTTTTCAAATAATTAAACGCCTGAAATAAATGTGCTGCATCTGTTGACTTGCTGCTTATTCCTGTGACCCATGATGCAGTGCTGCATCTCTGGTCAGTTGTAGTCTGAGATGAAGCACTGTAGCTCGGGACAGAGAAAAACAATCTATTGAACATTCTATCATGATCTACGGGTCTGTTGTGTTTTCTCTAAAGAAAGAAAAGAGTGATTGGCAACATCGGTAGATATACGACAAAGACAACATTCTCGAATTTTCTGATTTGGACCGCTCCGTTTCCTTAGCCAGGAACTGCCACCCTCGCCGCAACGGAAATCTTTTGAGATGATAGAGAAGACATTGTTTCTTCCGGAGAAGATAAAAACT 4 0 5' arm Fundulus_heteroclitus mirnest mir-143 2e-24 xtr-mir-143 1e-21 -29 .......(((((((..(((....(((((((((.((((((.((..........)).)))))).)))))))))....))))))).)))....... (-29)