mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGGGGTTTGCCCTTGTGC ATAACAGCATCTAGCAAGAA TCAAAACCAGGTATAACAGCATCTAGCAAGAAGCATTTAATCTTGGGGGTTTGCCCTTGTGCCATTTAAAG AGGGTTAGATGGCGCTACATGTATAGTTCACTATGTTAATTTCGCTAAAGTTAATATTAAAAATTATAAACAAAAAACAATTATAAATTTCTGAGGTAACATTTAAGCCTCATTGCCGTTTCGATTAGTGTTACTTGATTACCTCTTGCATCAACATCTGTAGCTGTAGTTGTATTTGTATTTATATAGGTAAAAGTGTATCTCGTCGACTCTCAACACCTTCATCCCATTTCAACATTCCCAGTATTCTAGATTCGTTTAAATTGTCTCATACTTTTTCATATTCGTATAATTCCTCTTCTATGATTGGTTTGGATAGGTATTTAACTAAATGTAAACAGAACAACGTCAATTGGTGCCTTAAATATTGACAGTTTGTTTACATTTAGTTAAATACATATCAAAACCAGGTATAACAGCATCTAGCAAGAAGCATTTAATCTTGGGGGTTTGCCCTTGTGCCATTTAAAGCTGCATATATGTAGTGAGCCTAACTTACCTAGTGTCTTGTATGTTCACTTTTTTAGTTGACGAAAGGGATGTGAAAATATGTGGAAAACTTATAT 5 1 3' arm Choristoneura_fumiferana mirnest 100 100 -15.3 .........(((((((..(((.((..(((((.........)))))..))..)))..)))))))........ (-15.3)