mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGCAGTGGACGTCTTTCGG GGGAGACGAGCTGTCGGTA CGTCCGCGGACCGGGAGACGAGCTGTCGGTAGGCCTCCAACAAGATGGAGCGACGATCTGGTTAAAATCGCGGGATCGCGGTGGATGCAGCAAGCACAAGCCCGGTCTGAGTGGAGAACCTCGGGGGAGGCCTATGTCCAGCAGTGGACGTCTTTCGGCTGACATGA AGGCCTCGTGCCGTGCTTGTTGATTGGGTAAAATTCAGAAACAAAGCAGGGATTGGTTGGCTCGCGTGATGCAATGTCAGATGCACAAAACTACATAGACAACTGGCGTTCAGACGGATCACTTCTTGCTCGGATTGCTCGCAGGACTGATGGCCGATGGGGTCAGAAGGTTCTCGAATGGCGTCCGCGGACCGGGAGACGAGCTGTCGGTAGGCCTCCAACAAGATGGAGCGACGATCTGGTTAAAATCGCGGGATCGCGGTGGATGCAGCAAGCACAAGCCCGGTCTGAGTGGAGAACCTCGGGGGAGGCCTATGTCCAGCAGTGGACGTCTTTCGGCTGACATGATGATGATGATAACTATATTGGTTCAATAATAGAAAAAATGTACTGTTATGTGTACTTAGTAGGTACTTAGCACACAAATTATGTGCTAAGGGCGAAAGATAAAAAAGAAAACATGTAACTAAATTTATATTATGTCGGGTTTGGCTCTCTATTCTGGTCATTATTATATTGGGACTGCCTATCACACTAGACATAAAATGTTGCTCACAGTGAAGG 2 2 3' arm Choristoneura_fumiferana mirnest 100 100 -59.3 .(((...((.((((((((((.(((((.(((((((((((.....((.(((.......)))((((....((((.((((((.(((...(((.....)))...)))))))))..))))..))))))...)))))))))...)).)))))...))))))))))))))).... (-59.3)