mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAGTTTTTTTTTTTCCTTT CAGAGACAATAAAAACAACATT GTTTTTTTTTGTAGTTTTTTTTTTTCCTTTTTTGACTTCCTGAAGCCAGAGACAATAAAAACAACATTTTACTT GTTTTTTTTTGTAGTTTTTTTTTTTCCTTTTTTGACTTCCTGAAGCCAGAGACAATAAAAACAACATTTTACTTTTTCAAGCTGTATTTTCCACAACTATATTTGTTCTAGATCGAAAAATTATGTTTTGTAGATATTGCGCCATCCTTTGAATCTTCTAGAATCTTGAAAAAATCAGGCATTTATACTAGGATTTTTTGACTGTGCTTTACAATATCATTAAACTGTTAATTAATTTTTAATGTTAATGATGGAGGTACCTTGTTTACCAAATAATAAGCCATATTTTGCTAAAGACATGGTTGGAATTAGGTGGAAATTATTCAAAGTATTACTTCAAATTTTTTTTAATGTTAGTTTTGAGTTATACAATCATGATCATGTAAGTTATTACCTTTTGCCATTGTGATGTAATTTATTTCATCCACGCGACAACCTTAGACGAATGTTAAGCAACATTGAATTTTGTTTTAAATAAATAACTATTTATGT 4 2 5' arm Choristoneura_fumiferana mirnest 100 100 -7.4 .........(((.((((((..((.((((.(((((......)))))..)).)).)).)))))).)))........ (-7.4)