mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGCAGTGGACGTCTTTCGG GGGAGACGAGCTGTCGGTA CGTCTGCGGACCGGGAGACGAGCTGTCGGTAGGCCTCCAACTAGATGGAGCGACGACCTGGTTAAGATCGCGGGATCGCGGTGGATGCGGAAAGCACACGACCGGTCTGAGTGGAGAGCCTTGGGGGAGGCCTATGTCCAGCAGTGGACGTCTTTCGGCTGACATAA TGTAATTATAAGCCAACAACATTAATTATTATCGTAGGTATTTACTAATACGACACACATTTTTATTTAGTAAATTTGTTACTCGAATGGCGTCTGCGGACCGGGAGACGAGCTGTCGGTAGGCCTCCAACTAGATGGAGCGACGACCTGGTTAAGATCGCGGGATCGCGGTGGATGCGGAAAGCACACGACCGGTCTGAGTGGAGAGCCTTGGGGGAGGCCTATGTCCAGCAGTGGACGTCTTTCGGCTGACATAATGATGATGAAATTTGTCTACGGCTTTAATGGTGTAGATATTATTTTCATAAAGTAATAAATATACTTACTTGTAAGTTCAAATAAAAGTTAAAT 2 2 3' arm Choristoneura_fumiferana mirnest 100 100 -60.7 ....(((((.((((((((((.(((((.(((((((((((..(((...((.((...((((.((((...((((((....))))))...(((.....)))...))))))))...))......)).))).)))))))))...)).)))))...))))))))))))).))... (-60.7)