mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATGTGTGTGTATGTGTGTT CACATCTGCACACATATCTGG CTTGGGTACATACACATCTGCACACATATCTGGATATGCACGGCAGGCATGACGTCTGTGACTATGGTGTATTTGTACATATGTGTGTGTATGTGTGTTAGTGTATGA AATTAGATTTTCCAAAAACTTGAAGGTTAGAAATTTTGTTTTCCTGCATATTTTATTGTTTCAACAACCATTTTTATATAAGTTCATGTATATAGTGTTGCCTTCGCTGGATACTCTTACAAGCGCACCCGTACACACTTTGCACACACACCTTGGGTACATACACATCTGCACACATATCTGGATATGCACGGCAGGCATGACGTCTGTGACTATGGTGTATTTGTACATATGTGTGTGTATGTGTGTTAGTGTATGAGTGTGAGGTGTGTATTAATTGACCCAAACAGACTCCGGAGACACTCTTACATGTGTTGCATTCACACAAAATTTGTTATTATTTCGATGACTAAAAAAACGACGTCTTTGTTTTTTTTTTTTTTAGGATTATTGTTTTGGATGACAAGTCTTCCTTTTGAATAAATACCCATATCACATGAGAATAGTGCTGTCATGTATGTTAATTTGTACTATGGCTGATGATGTCATCAAGGCGAGACCCAACCGCATGCCGTGGTGGGCTGGCGTCCGTTGGCTGTTATGTTCATACAGTATTTGTTTGATTTGGGTTTT 3 0 3' arm Sparus_aurata mirnest 100 100 -36.7 .....((((((((((((.(((((((((((.((...((((((.((((((.....)))))).......)))))).....)).))))))))))).))))))..)))))).. (-36.7)