mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACACACGCACACACACACTC GTGTGTTTGTGTTGTTGTT ACTCTCTGTCTCTCTAAAGCACACACACGCACACACACACTCACAAACCCGCGCTGAAGCTCACTGGTGCATCCACCGAGGTTAATTCCAAGTTTGTATTTGAACTTGCGAAGCACTGTCTATTGAGAACGGGTTATGTGTGTTTGTGTTGTTGTTGCTGCAGAATCTGGCCTT CATAATGTACTAAGAAGTTGTCACTTTCTCAATACGCACATTTGTTGTTTGCACCTTCAACCAAACTCTCTGTCTCTCTAAAGCACACACACGCACACACACACTCACAAACCCGCGCTGAAGCTCACTGGTGCATCCACCGAGGTTAATTCCAAGTTTGTATTTGAACTTGCGAAGCACTGTCTATTGAGAACGGGTTATGTGTGTTTGTGTTGTTGTTGCTGCAGAATCTGGCCTTGTTTAGTAATTCATAAATCACTGTATGTCTTGACTTGATCTCTAGCCTCTATCAAAGCTTAATGAACAGCCCATTCCTGTGGGTCTCTTGCTTTAAGTCCATATTGTTGGCTCCCAATATTGCTCAAGGTATTTCACTTAATCAATAATATGACCAAAATGAGCAATAACTTAATGTAACTCCATCACTTTCTTGTTTTTTTCCTTCCCATTGTGGCTTTAACTATTACCCTAAGCTCCAGAAGTATCTTTAATTCATTGTTGTATTCAAATATGTATCTTTAATGATATCTTTATTTGTCTGTTTTTGTTTTCTGTTGTCAAGTTTGTTTTGTTGCTGCTCACAACACAATAATAAACCCATGGTGTAAATGCAACTGACCTTGAGCAGCCGAGCAGACGAGTCCTTCCACAAATCAAAAATGATGTGGAATAAATCCACAACCACAGAATGGGTTGGAAAAATAAACACTGACTCACACTGGACGTTTAAGAACCTT 3 2 5' arm Sparus_aurata mirnest 100 100 -42.6 .......(((..(((..((((((.(((.(((((.((((((.....((((((..((.((......((((((..((.....))....((((((((((......))))))).)))))))))....)).))..))))))..)))))).)))))))))).))))..)))....)))... (-42.6)