mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGCATATGCTTGTGTGG GTACGAGCGTGTGTGTACTCA TCCCTAAAATGATTGTTATTTGCAGCCTTACTGTACGAGCGTGTGTGTACTCATGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGTGCATATGCTTGTGTGGGAGGGAGAGCACATTACAACAAAAGGCCT TCGTATCAGCCCTGAAATCAATCCCTAAAATGATTGTTATTTGCAGCCTTACTGTACGAGCGTGTGTGTACTCATGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGTGCATATGCTTGTGTGGGAGGGAGAGCACATTACAACAAAAGGCCTAAAAATAGTAGGAATATGCCCATGTGACATATTGAGGCTAAAAGCTTGTGAATAATTTGTCTAATGCAACACGTACCCCCCTTCCTGAGCTCAGTCATGAAAATATGTGCCTGCTGGTTACCTCTGCCAGCCAGCGAAGTCGGGAGGGGGTCACCAGTCTGTTCAGACTCAGCGCTCGGTATGTCTCTCTGTTAGCGAGGTATCATGTGGATTTGGATGGAATATGGTGAATGGTCTAAAGGAGACTTCATTAGATTTCAGTGGCGATCTGGGGGATTTAAGATTTATGCTTACCTTTCACACTGTTCAGTTCCCCCCCCTCATATTAATTAAATTTAAAGCAGATACATTAATGTCAGTCACAGCTCTGGTAGGTAAACCAAGAAAATAACAGTGACATGAGTGTTTCCAAAAAGCTC 4 0 3' arm Sparus_aurata mirnest 100 100 -29 .........((.((((.((.(((..((((.(((((((((((((((((.((.(((..................)))...))....))))))))))))))))).))))...))).)).))))))........ (-29)