mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGTTTCCTACTTTATGGAT CCATAAAGTAGAAAGCACTAC ACTGATGTACAGTGTTGTCACCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACTTCACTACACAGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTATACTGTTGGCTGC AATGCACTCAAATATACAGGAGGTGCTGCTTTATGTGTCATTAATGTTCTGTATCAACAGGATTTTATGCAACATTTCTGTCAAGTACTGTGCGTGCGACTGATTTCAAACTGATTTCGTGTTTCTCAGTTAGAAGTCGGTCTTGGAGAATCCACATTTCATGTGTGAAATCTTGCTTTTGCTCAACCTGTCATGTGTTCAACGTTCACGGCGGAGCGACCAGAAACTACTGATGTACAGTGTTGTCACCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACTTCACTACACAGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTATACTGTTGGCTGCAGAGAAACGCAAAAGAAGAAACCAACGGACTCTGTGGAAGATTTTAAAACGTGTAGGCCCCTCGAGAAAACTGGATGAAGTTTTCTGTTGTTTTTGTAACTTAATTGTGATTTGTGTGCATTTATTACCAGTTAATAAGATAATTTTGACTGTGAAAAACTTTAATCTAGATTATCAAACCAGAACAAACAAGTAGCTGAGCTCTAAAAGAAAGCGAGTACATGTTGTTCAAATCCAGGATTCAGTTTATTTCTCAAGTTTCTGCTTTCACAGTTTTTACATTGTAATTACAATATAAACACTTTTTCTTTATACAGTTTTTCTCCTTAGATTTGTTTTTACATAAAAGTTGCTGCAAAACTCCAAAGACTACAAGATATTTTTTTTTTATTTCTTTATATGAAAAAAAATTATGAGCCAGTTTTAGAAAAGAATATAAACAGGATTTAAGGCAAATTATAGACGTACTATGATAACACACTCTGGTCTGCAATAAACTGAGAATTAAAGTGTTTCATTAAGGCTAAAATAATGTATCCATTGCCATC 2 0 3' arm Sparus_aurata mirnest mir-142 1e-46 fru-mir-142b 7e-30 -33.5 ........(((((((..(((.(((((((((((.(((((((((...(((.........)))))))))))).))))))))))).)))..)))))))....... (-33.5)