mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTTCTCAGGTCGCCCCCGC AGGTGTGACATGAGAACACAC ACCAACAGGTGTGACATGAGAACACACGATATACTTCGATATTTTTCACGTGTTCTCAGGTCGCCCCCGCTGAATTTTCT ACCAACAGGTGTGACATGAGAACACACGATATACTTCGATATTTTTCACGTGTTCTCAGGTCGCCCCCGCTGAATTTTCTTTCGCTTCAACGTGTTGCTTCGTATGTCCGTCAAAGCAGCTGGAGGTTGTAGAGCAGTTCATTGTTCAAATCTTAGGAATGTACAATTATTTTCTGGCGTTGTGACAAAGTATACAAGTTGAATAAAACATGTAAGGTTATGTTACAACGTATTTTTTGAACTTTTGAATTTCTTTTTCCCTTTCAATTTTTTATTTTTTATTTTTTTTAATTTTTTTTTTTATCGCAGACCCTTATAATTATTTAGTAAGTTAGTGTGTTAATTTATTTGATTTTAGATTAAATTTAATTACAAGGGTTGAAGGAGTTTAAGTGATGGATGCCTTATCCGGATGTGACTGAAATAGGTGACACAATTTCATTGGTGGGTTTCAAGGGTTGAACGCTTAAGTGCCCCTGACACCCTTATTTCATTAAATATTCGTATAGAACTATAGACTTTTTTTTGAACGGCGGAACATCTATATAAAAATATAGAACCGGGCCAACAAGAAGCTGAAAAATCCGAAGGGCTTACAAGACAATGTCACCTAAATGAAATCACATCATCTACCCNATTTAAACTAGCAGTGTCTGATTTGCTCCACCGTCTGATTGAGTGGGACGTATCGCTTTGTGAAGTCCATCTCGTTCCTTGCTTTCCAGATCTCCCATATGATGGTTAAAAAGGATTGCGCCGATCAGTTTTTTTT 5 0 3' arm Helianthus_tuberosus mirnest MIR398 0.000001 tae-MIR398 0.000004 -23.5 .......((.(((((.(((((((((..((.(((......)))...))..))))))))).))))).))....((....)). (-23.5)