mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTATTACTTTCATGTTCAGT TGCATGAAGGAGTAATAAAGG TCCAAGTTAGTTTTATTACTTTCATGTTCAGTCACTTTGGGTATTGTATCATATGTGCACATAAAACAACAAGCAGACAGGGAAAGAATGCATGAAGGAGTAATAAAGGATGTTGAG GAGTCCTGCAAATGACAATTCGCAAGGACAACATTTACTTCGACTAAAAAAATACTATCTTAGAATTTAAAAGATAATAGTGTCTAATTATGTGTATTGACAGCCCTACAAAGTGTATTAAGTAAAAATGTCTTCAGGAACATCCAAGTTAGTTTTATTACTTTCATGTTCAGTCACTTTGGGTATTGTATCATATGTGCACATAAAACAACAAGCAGACAGGGAAAGAATGCATGAAGGAGTAATAAAGGATGTTGAGAGACAGCAGAGACGAAAAATAGAAAACCTTTACATATTAGAGAAGCAAAATGAATTGACAAAGAAACTAAAGAAAGAATTAGGGAGCAGTCAATGAAAAGCATTTGTATTAAGTAATATTTATTTACAGAACTAATGTTGAACTAAAATTACTAGATATTAGGTAATAAAATGTTGAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAAAATGAAAAAAATTACCAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTGTC 4 2 5' arm Spodoptera_frugiperda mirnest 100 100 -19.2 ..........(((((((((((((((((....((.(((((.((.((((......(((.........)))))))))...)))))...))..))))))..)))))))))))......... (-19.2)