mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGAAGAAGAGAGTAATGACA TCATTACTCATTTGATCAT CAGGCCAAGTATGTCATTACTCATTTGATCATAAAATATATAAACTTTCATAACCAAATATATTATTAGAAACAAAACATAAGCATCCAGATAAATTAAAGTCACATACACATACACATGTACCAATTCAATGCATTTGCTTTTTTTTCAGAGCTGGGAGCTAATGATACTTGTAAAAGAGAAGAAGAGAGTAATGACAGAGATGATGA GGAGTTACAGTAGGCTCCAGTGCAGGAATAAGTATTGCCATTGTGTAAACACTACAACTGGGAGGAAACTGGAAATGACCAATTCTTTTAGAAATGGCACTCAAAACGCCACCTACTGCATAAATCGTGAGTAACATATTTAATACTTACAATTACTATCATTTTAGTTGAGGCATGTGGTCCCCAGCAACCCTGCAGGCTGAATTGTAAATATGGCTACGCTACCAATGGAGTATGCAAACTGTGCTCATGCAAGCAATTGAACTGCAACTACGCACGTATTTCTGATGCCATTAGAGGCTGTGGAAGTCGTCACTGTATCACCAAAGATAAATTCTGCTTGAAATGTGAACCAAACTGCAACGCAAGCAACACAACAGGAGGAGGTAACCCAAACACTCCAAGAAGATGTGGTAGTGATGAAGAATATGTCACTCGTGGCTATGGTTGGGGAACATGCAGGCCAAGTATGTCATTACTCATTTGATCATAAAATATATAAACTTTCATAACCAAATATATTATTAGAAACAAAACATAAGCATCCAGATAAATTAAAGTCACATACACATACACATGTACCAATTCAATGCATTTGCTTTTTTTTCAGAGCTGGGAGCTAATGATACTTGTAAAAGAGAAGAAGAGAGTAATGACAGAGATGATGATGATAACGTTAATGATGATATATCAATTCCTGAGTTCATACTTAAGCTAGCAA 3 2 3' arm Amphimedon_queenslandica mirnest 100 100 -28.7 ........((.(((((((((((.(((..((.((((((((((................))))))).)))...((((..(((.(((.(((((..(((..((((.((.((.((.....................)).)).)))))).)))......))))).))).)))....))))....))...)))..)))))))))))...))..... (-28.7)