mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATATACATACACACACACTT GTGTGTGTGTGTGTGTGTCTG CTGTGTAACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGATGTAAAGTGATGTGTTTGTGATAAATACATATTCACTGTATTCACAGACACTGATGAACTAACATCAGATATACATACACACACACTTCAATAAAGT TGTGTGCCATTTAACTCCATTATTATTATTATCAGATCTATCCAATGCTGTGTAACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGATGTAAAGTGATGTGTTTGTGATAAATACATATTCACTGTATTCACAGACACTGATGAACTAACATCAGATATACATACACACACACTTCAATAAAGTTCATATTGTTTGTATTAAAATTAATAATAATTATTATAAAAATATAACTGGATGATCAGTACTATTTTTC 2 0 3' arm Amphimedon_queenslandica mirnest 100 100 -54.1 .........((.(((((((((((((((((((((((((..(((...((((((((((...(((((.......)))))))))))))))......))).)))))))))))))))))))))))))..))....... (-54.1)