mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTGTGTGTACATGTACAT GGTTTTATGATGGACACAAATGTT TTATGGTGGCTTGCTGATGAGATTACAAGGAGATGCTAACAATTTACAAGGTTTTATGATGGACACAAATGTTTACTTGTTGATAAAGAAGATTGCTTTTTGAAAGAACGATTAAATCTCTTTTTTATTTATTTGTGTGTACATGTACATGTATTTATGTGTTTCTTTGCCTTATAAAAAGGTCCCCATTGTTTTT ATGGTAGAAGATGGCAGGGATTCTCTTTGAAGACATTTTTGATGTTAAAGATATTGATCCTGATGGAAAGAAATTTGAAAGAGTGTCTCGCCTGTTTTGTGAGAGTGAGAGTTTCAAAATGGATCTAATACTTGACGTCAATACTCAGCTCTACCCTGTAAGTCTTGGAGACAAGTTCCGGCTTTTATTGACTACAACTCTCAGAGAAGACGGACTACCAGATGATGGAGACTTCCTTACTACAGACGGTGCCCCCTCACTAGCAGATGCGTTTGAGTATGTTATGTATGGGAAGATCTACAGGATAGAGGGGAATGAAGGAGCTGGTGATTCCGGAAGATTATCAGCTTATGTGTCTTATGGTGGCTTGCTGATGAGATTACAAGGAGATGCTAACAATTTACAAGGTTTTATGATGGACACAAATGTTTACTTGTTGATAAAGAAGATTGCTTTTTGAAAGAACGATTAAATCTCTTTTTTATTTATTTGTGTGTACATGTACATGTATTTATGTGTTTCTTTGCCTTATAAAAAGGTCCCCATTGTTTTTGA 3 2 3' arm Amphimedon_queenslandica mirnest 100 mmu-mir-466l 0.00001 -39.8 ..((((.(((((....(((((....(((((((((((........((((..((..((((.((.(((((((((.........(((.(((((.((((....(((....)))......))))))))).)))..))))))))).)))))).)).)))).....))))))))))).)))))....))))).))))....... (-39.8)