mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGTGATGTTGCAGCTGTAC ATTGTTGCAGGATTATAAGCA AGTTGGCAAACATTGTGATGTTGCAGCTGTACATTCATACAGAAGAGATTGTTGCAGGATTATAAGCATTGTAAAT ATTTTTGCTACACGATTTTAAAAATTGCAATTACATTAAAATCAAAGTTATGAGTTGGCAAACATTGTGATGTTGCAGCTGTACATTCATACAGAAGAGATTGTTGCAGGATTATAAGCATTGTAAATGAGGGATCATGCAAAATAGATGGGGGTGGGGTGCCTTATAATAAGAACTACAAGAGAACAAAATTTCCTTACCATGAGATCATCTGTGGTGGTTTTAAGTACATGTACAGACGGTCTCCTCGAGGCTTGTTTTATAAACTCTGAAACTTCATACAAAACATGGCACACAAATCATTATTGCACATATATGAAGAATTATTTGTTACTTCAAACAGAGCACTATGTACAATGCAGAAAAAAAATGACCACTAGCGAGACTGTTTATCTAGCACAGNGGTTCTCAAACTGGGGTCCTATTAAATGTGAAAAACNAAANATACATTTTTAAGTTACCTTCCTAGTTTAATTCTTCAGGGCTGTATTATCCATTATATCAATGAATGAAAACTGGAACTGGAAAATAAGGTACATCANAATCACNATAATAATTGAAAATGATATAGGTCGTTGGTTGGTTACAGCACCTTAGGACCGAGGTTGATCCAGGGCAGTAGTTTTTANNGAAGTTTANGTCATGTTCTCAGTTATAAGCTTTATGCATTGACAAACANTAATATACATTTGCNCTAAAAAAATGTTTATCTTCCCAGTTNCAATTCAGAACACGTCTTTTGAACC 5 0 5' arm Halocynthia_roretzi mirnest 100 100 -17.6 .....((((...(((((((.(((((((.((...(((.....)))...)).))))))).)))))))...)))).... (-17.6)