mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGAGGGATCTTGAGAAATGT ATGTTTCAATTCTCTATGTA TGGTTACTACGGTGGGAAACAATGAGGGATCTTGAGAAATGTTTTACTCTCATGAATATAATGGGAGGATTTTGGAATATGTTTCAATTCTCTATGTAATCACTGACAATGCTAAG CATGATGTATCAAGAAAGAAGTATATTCTATTTTAAGACAAATATTTGGAAATCGAAAACATGGAAAGTAGCTAAGTTGAATGGTTCCCAACCTTGGATCCCAAGACCCCTTGCTATCCAATTGGTGGTTACTACGGTGGGAAACAATGAGGGATCTTGAGAAATGTTTTACTCTCATGAATATAATGGGAGGATTTTGGAATATGTTTCAATTCTCTATGTAATCACTGACAATGCTAAGATTTAATGCAACTCTAACCAATCAACTAATTATAGCAACCAGGTATTTTCTAGGATGAAGAAACTTGGTGTTTAGATCACAGTAAATTCAGTAGAAAATATGGCTATACCTGCATGTCTACACAATCTCTAATCCGAAATGTTTCAGAAACCCAAAGGATTTCGTGGGAGTCTATTGCCAATACTCGCATTTGATATCTACTTAATGTGTATAAAAGGTATGACCTAGCGAGGACAAATTAATTAAATGCCTTACTGTAAATAAGTTGCTAAATCAAGGAATTTATTAAAGGATATACGATATGAATACAATATCATTCTGAAACGTATATGATCTGTCGGGTTTCGGAATTAGAGATTATGTCCCTACAATTTCTTCACTTGAAATCTCATTTTTCAACGCACCTCCTCTCTATGTAGTTTAAATTACTAAACACAATCTGAGCGCAAAATCCAACCTACGATGTATAGTGAATGGGTATGATA 5 1 5' arm Halocynthia_roretzi mirnest 100 100 -29.5 ((((.....((((((...(((...(((((..((((((.(((((((((((((((.......))))))).....)))))))).)))))).))))).)))..)))))).....)))).. (-29.5)