mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTGGTTTTCGGAGCGCG TGCATGGAAATAATGGAAT TGCATGGAAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAGCGCGAGGTAATGA TGCATGGAAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAGCGCGAGGTAATGATTAAGAGGGACAGACGGGGGCGTCCGTACTCTGCCGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGGCGGAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGAATGTTTTCTTTAATCAAGAGCGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACTATAAACGATAGGAGTCGTTTCAATTAACGCTAAGTCTCAAAGTTTTACTATTTTGTTCTGCTGAAAGTGTTAAGATAAAGAAAATGTCCAGTTCTATCAACGAATTGTGTAAGGCCAATGTATTCCACTCGCCGAATATCAAGGCCCTGTGTCAAGAATCGAATATAAATCGCGACGCTCTTGCTGAAACACAAGTTACGAGAAGAATAGCCGCTGCAACCACGGAAGAGACCAGCTGCGAATTTGGATCTGGTAAATACTATGCGCTTTGTGGTCTCGGTGGAATTCTGAGTTGCGGTGTAACCCATACCGCACTGGTTCCTTTGGATCTGGTGAAATGCAGAATACAAGTCGAACCAGAAAAGTACAAAAACATCCTCCAGGGTTTCAAGTTATCAGTCAAAGAGGAAGGCATTAGAGGTCTCGGAAAAGGATGGTCGCCAACTTTAATTGGTTACTCCATGCAGGGGTTATGCAAGTTTGGATTTTATGAAGT 4 2 3' arm Halocynthia_roretzi mirnest SSU_rRNA_eukarya 3e-25 100 -16.2 .((.((((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))))..))............ (-16.2)