mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTCTGTTTCTTGCCGGAAA TCTACTGAGAGATACAGACATTG GAATCCATTTCATGGCCAATCAAAAGCAGATGATGCCAACTTTCTACTGAGAGATACAGACATTGCCGGTCCAATAGCATTTTGTTTAGCTCTTGCTGTGTGTCTGTTTCTTGCCGGAAACAAAGCTCATTTTGGTTATGTATATGGATTATCTGTAAT ATTTGTCTATAAGGAGTAATTTGAAGTAAATTTGTTTATTTCTTATTAAATCTGGAACTAAATTACATCAAATATGGCGAACTTTAATAATCCCAACGACTTTTCATGGCAGACTCAAAATAATAGCCAAAATTACTCTTTCAACACCTCTACCAACACATTTGCCGATCCAGCGCAAACCCTAGACTTTCAGACCTTTCCAACTGACCAGCAAAACTACTCGTTTGATCAGGGTCAGGGTACTATGACAGCAAATAACAATCAGTACTACAACTCGAACATATTTACGCCAGCACCAGTACCTGGGGAACCCGTTGCCGAACCTACAGACTTCGACGAACCGCCACTATTGGACGAACTTGAAATATACCCAGATAGAATACTGGAAAAAACCTTAGCCGTAATGAATCCATTTCATGGCCAATCAAAAGCAGATGATGCCAACTTTCTACTGAGAGATACAGACATTGCCGGTCCAATAGCATTTTGTTTAGCTCTTGCTGTGTGTCTGTTTCTTGCCGGAAACAAAGCTCATTTTGGTTATGTATATGGATTATCTGTAATGTCAGTAATACTCATGTACTGCTTACTATCTTTGATGAGTCGCACTGAAGGAGTATTTACTCTGTTGAGTGTAGCCAGTGTACTTGGTTACTGTATGTCACCTATGGTAGTTTTAGCTGGGCTGGGTATATTTATATCCCTTGAAGGATCAGTAGGTCTAAGCTTATCAGCTATTGCAGTAATTTGGTCAGCTCTGTCTGCTAGCAGACTATTTGTTACTATGTCAGGTGATTCTGAACAAAGGCCACTGATTGCTTATCCTTGTGCCTTGGTAAATGGAGTATTTGTTCTGTTAGTACTCTTTTGATTTTGAATATAATTCTAATGGGAACAAAGTATCAAATTGTCAGTGGTATAAGCTTACTGCCAGACAAATCTTCATCAACAATTTTAAAGAATCAAAAATATTCCATTTATTTTGTAACCATGTCAAATGTATAGTTTTTAAATGTATTATAAAACAAAAGTACCATCTC 4 2 3' arm Heliothis_virescens mirnest 100 100 -41 .(((((((..(((((((((.........(((((.((....(((((.....((((.((((((((.((.((......((((...)))).....)).))...)))))))).))))...)))))....))))))))))))))))...)))))))......... (-41)