mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCAGTGACTGATGTGCAGAG AAGCATGTTGGTCTTGAGGA GTCCAGCTGAAGAAGCATGTTGGTCTTGAGGAGGTTCCTGGCACGCTCAACCTCACCCTCAGTGACTGATGTGCAGAGCTTCATCCA TTTTGCCAAAATACAAATTATGTTTATTTACATGTTTATTTCTTATTCTTCTATAATAAATACAGATTCCACCAAGACATTGTGTTTTATTACAATAAAACTACAGACATTGGGAGAAAAATGTTTAATGCGTTTTTTTCCGATCTTAACTGATTTAAATAATGTTTAATTGTTTCTATAATGTACAACTACAATTGTTTACACCCTAAGCCAGTACATTCCAGCGCGGATCCTAGTGTAGTCTGGCAGTGCTTCAGTAGGCCCAACGGTGGCCACAGCGGGGCAGCGGTCGTACAGGTACTTGTAGCACACATCACGCACATTCTGCACAGAGACAGCTTCAATACGGGCATCAAGCTCATGGATGGGGATGCGACGGTTGTAGCACAACATTTGACGACCAATGTCTTCACACACAGGGGTGGTGCCGTCCAGCTGAAGAAGCATGTTGGTCTTGAGGAGGTTCCTGGCACGCTCAACCTCACCCTCAGTGACTGATGTGCAGAGCTTCATCCACTCCTTCTGGACATTGTACAGCATATCTTCCAACTGCATGGGTTCAGCTACAAAGTAAATGCCCCAAAGTCCAGTGTCCTTGTAACATGTGTTGAAGGACTGGAAGCTGTGGCAAAGATTGCCAGCAGACGCAGCACGGGCCAGGAAGGAGGCGTTGTTGACGCCACCACCCTGGGAGCGGTCCCAAGCTCCAATGAGAGTGTTGGCAACCATCAGAGGAATGTTGTCAGCGTCAGTCCATCCTGCACCCTTAACAGCAATAGCAACATGAGCGAGGGGCATGGAGTCATCACGCACTCTGATCTCTGAGCCAGTGTAACGGCATGGGGTCAGCTCTACATCAGACACTGTGTTCTTGAGACCACTGAAGTGCTTGT 4 1 3' arm Heliothis_virescens mirnest 100 100 -26.7 .......(((((..((((((((((((((((((((((............)))))...)))))).)))))))))))....))))).... (-26.7)