mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGGCAGTGGTACAGACTGGG CAGATCTGTAATACGACTATA TTATAAAAGATCCAGATCTGTAATACGACTATAGAAGGCAGTGGTACAGACTGGGCTCTGTATT GTACTTTGACATCATTTTATTCTCAACAACAAAAAAGACACAACAGATGTACAGGATATACACAACCGCAAAATGCCAAGCAAAAAAATGTCACTAACAACTGATACAACTCATCCAACCATCTAATGGAAAGGGAGTGAAAAACACCCAATAAAAATTACTACAAATAAACGTCCTAAAAAACCACAGGGTAAATGGATTCCTTATCAAATAATATATGATGGTAGTCTCTACTTCTATATAGTTATACGGTGTAAAATAAAATCTCCGGGGAAATGGCACCAATTAGATAAAAATATCGTTAAGTATTGCATTTAGTGTAATACTAGAATTACGACAACCGGACGCTATTAACATCCGGTGACTAGACAAAGCGTGAGCATCATTAAACAATTGATTTCTTCACCCTCTTCGTAAAAAACACCTTACCCATCTATTTTGTGTGCTGAGTTAGTATATTAAATGCAAAAACAAATAAAAGATGAATAAATACTAATTTAAAAACAGAACTAAAACAAGCGAGACGAGTCCGACATTTTCTGAATATAATAAAAATCTTTGCCTTAATGCAATAAAACATTCAAAAAAATATTTACATCTCAAAAGACCCTTTTCTTTATAAAAGATCCAGATCTGTAATACGACTATAGAAGGCAGTGGTACAGACTGGGCTCTGTATTGGTCAACACAATGCATGTAAACAACAATTAAAAAATCGAGACTTAAATAATTACATACACATGACGTCATTGTTAAGGAAAACTAATGCCAAGCATTGATCAAATGGCGACTTCCTGA 4 2 3' arm Crassostrea_gigas mirnest 100 100 -17.6 ..(((..((((((((.((((((.(((..((.....))...))).))))))))))).))).))). (-17.6)