mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTTTTTTGGTTTTGTTTTG GACGCGTTTGCCAGAAAACGAAT GGAAAGGTCTGGGGTTTTTTGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTAGGCTGCAGAATGTTAATACGACTCCGAAGGCTTTAATATTAAAATCTAAAAAAATAAAGGATGAAGTCACCTCGGAATATCACCCTATTTACAGAATTGATAATTTTCAATACAGACGCGTTTGCCAGAAAACGAATTTGACTTC ATACTCTTACAATAAAGTCATCTGTTAAATTCAGGGAATTTTTTTTGTGATTTTGTTGTATGCCAGTATTTTAAAACATTGTTCATGTAACAACTAAATGCACATTCTACACAAATTATGATTCATTAAAAAATGAATTTTGTGTATTTGTTTTGTCCATTTTCTTTAAAGATATTTTATTTCATTTTGACCTGGAAAGGTCTGGGGTTTTTTGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTAGGCTGCAGAATGTTAATACGACTCCGAAGGCTTTAATATTAAAATCTAAAAAAATAAAGGATGAAGTCACCTCGGAATATCACCCTATTTACAGAATTGATAATTTTCAATACAGACGCGTTTGCCAGAAAACGAATTTGACTTCACGCAACAGCATTCTAACATAAGAGAGGCCATTTGATGTGCCTTTATTCAAGGGGTCACTTGTTGCTGGGCAAAAATTAGGGTCGGAGCTTTGAACCCTAAAGTTAACATTACCGACAATGGAAACTGCATTAGTGGAATATACCCACCTCGAAAAAGAGTTCGTTTGACCGACAATGTTGCTTTGAATAAACCTGCATGGCTTCAACATCAACATGCTAAATATCCACAATACGGGGCGGAGCGTGCTGTAGACGAAATAAATTATATTTGTCCATATCTGGAGGGCAGTGTACAGTATC 4 2 5' arm Crassostrea_gigas mirnest 100 100 -37.7 .....((((.((.((((((((((..((((((((.(((.(((((((((((((((((......((((((((.....((....))...))))))))....))))))))))))))))).(((((((..((.(((((......)))))...))..))))..))).))).))))).)))...))))))))))...)).)))).. (-37.7)